• řízení provozu státní imisní sítě – Imisního monitoringu (IM),
• kontroly měření kvality ovzduší,
• odborné školení a výcvik pracovníků zajišťujících měření kvality ovzduší a srážek,
• monitorování kvality atmosféry – plynů, aerosolových částic, srážek a depozice - v účelových manuálních sítích, včetně zajištění speciálních měření na stanicích EMEP a GAW/WMO,
• servis a základní zpracování dat ze sítě automatizovaného imisního monitoringu (AIM) a sítě manuálního imisního monitoringu (MIM) z oblasti Prahy a Středních Čech,
• realizaci mobilních měření a spolupracovat na letových měření ve vybraných lokalitách ČR,
• systematické monitorování koncentrace těkavých uhlovodíků v ovzduší,
• analýzu organických prekurzorů ozónu (VOC) a organických látek v ovzduší včetně toxických (C2-C8),
• speciální chemické analýzy plynů, aerosolových částic na filtrech a srážek pomocí metod iontové chromatografie, atomové absorpční spektrometrie a ICP-hmotnostní spektrometrie.

Naši zaměstnanci jsou speciálně školeni pro práci v laboratořích v rámci Imisního monitoringu a mnohdy figurují jako poradci dalším institucím i státům, např. při vzniku a vývoji lokálních imisních sítí. Zaměstnanci CLI i IM se odborně a technicky podíleli a podílí na mnoha projektech, na kterých spolupracují s nejrůznějšími institucemi a podniky (např. Norský institut pro výzkum atmosféry (NILU), Geofyzikální ústav a Ústav chemických procesů AVČR, v.v.i., Výzkumné centrum Ústavu pro trvale udržitelný rozvoj Evropské komise (JRC/IES DCEC) i některé státní a regionální úřady). CLI je součástí IM, který je od roku 2005 zkušební laboratoří č. L 1460 akreditovaná dle normy ČSN EN ISO/IES 17025 Českým institutem pro akreditaci (ČIA) pro zkoušky a odběry uvedené v Příloze Osvědčení o akreditaci (viz www.cai.cz v sekci Seznam akreditovaných subjektů). Kromě této akreditace ČHMÚ jako celek splnil v roce 2007 podmínky pro udělení akreditace ISO 9001.