Základní náplní oddělení Informační systém kvality ovzduší (ISKO) je hodnocení kvality venkovního ovzduší včetně sběru a archivace koncentrací znečišťujících látek a dat o chemickém složení srážek a atmosférické depozici naměřených na monitorovacích stanicích ČHMÚ a dalších organizací. Oddělení zpracovává grafickou a tabelární ročenku, informuje veřejnost o aktuální kvalitě ovzduší na území České republiky a úzce spolupracuje s MŽP a dalšími orgány státní správy. Pro orgány Evropské unie zajišťuje plnění reportingových povinností za ČR, předává imisní data do evropské databáze AirBase a on-line data na web Evropské agentury pro životní prostředí.