Oddělení emisí a zdrojů (OEZ) se zabývá vedením registru emisí a zdrojů znečišťování ovzduší (REZZO) v členění REZZO 1–4. Na jeho základě vypracovává pravidelnou roční emisní bilanci České republiky jak v celostátním, tak i regionálním měřítku. Tyto údaje jsou významnou součástí Zprávy o životním prostředí ČR a jsou přejímány příslušnými statistickými orgány. Oddělení dále zajišťuje distribuci dat a informací o emisích a jejich zdrojích pro řídící sféru, orgány a organizace státní správy a samosprávy a další uživatele, včetně zpracování podkladů pro rozptylové studie, územní plány atd. Pro úkoly v oblasti mezinárodní spolupráce zajišťuje tvorbu datových podkladů pro vykazování emisí látek znečišťujících ovzduší v rámci závazků ČR, vyplývajících z mezinárodních úmluv a spolupráce v oblasti ochrany ovzduší. Jedná se zejména o Úmluvu o dálkovém přenosu znečištění ovzduší přes hranice států (CLRTAP) a údaje o ročních emisích znečišťujících látek pro EUROSTAT/OECD. Dále zajišťuje zpracování podkladů pro plnění reportingových povinností souvisejících se směrnicemi EU.