Publikace jsou vydávány ve třech edicích – Práce a studie, Sborník prací ČHMÚ a Národní klimatický program, dále vychází publikace seriálové (ročenky, výroční zprávy), ale i monografie.

Ze stěžejních publikací poslední doby jmenujme Atlas podnebí Česka, Fenologický atlas, Atlas fenologických poměrů Česka, Vybrané kapitoly z historie povodní a hydrologické služby na území ČR, Metodologie kontroly a homogenizace časových řad v klimatologii, ale třeba i publikaci Krátké úvahy o vodě vydanou u příležitosti Mezinárodního roku vodní spolupráce 2013. Atlas podnebí Česka a Atlas fenologických poměrů Česka obdržely prestižní ocenění Mapa roku.