Organizace      NKP je v současné době sdružením 16 právnických osob se sídlem v ČR. Jsou to: Astronomický ústav AVČR, Centrum UK pro otázky životního prostředí, Česká bioklimatická společnost, Česká meteorologická společnost, Český hydrometeorologický ústav, Geofyzikální ústav AVČR, Katedra fyzické geografie a geoekologie na Přírodovědecké fakultě UK v Praze, Katedra geografie na Přírodovědecké fakultě Masarykovy university v Brně, Katedra hydrogeologie a inženýrské geologie na Přírodovědecké fakultě UK v Praze, Katedra meteorologie a ochrany prostředí na Matematicko-fyzikální fakultě UK v Praze, Nadace SEVEn, Národní lesnický komitét, Ústav ekologie krajiny AV ČR, Ústav fyziky atmosféry AVČR, Ústav krajinné ekologie fakulty agronomické Mendelovy zemědělské a lesnické university v Brně, a Ústav pro hydrodynamiku AVČR.      Sdružení si klade za úkol vytvářet odborné a organizační podmínky pro operativní spolupráci odborníků zabývajících se v členských organizacích plněním úkolů z oblasti klimatického systému. Řídícím orgánem NKP je Výbor složený ze zástupců všech členů, který se schází nejméně jednou ročně. ČHMÚ plní ve sdružení funkci sekretariátu, který zabezpečuje styk se Světovou meteorologickou organizací a organizuje činnost sdružení podle pokynů jeho výboru. Sdružení je financováno z prostředků svých členů při plnění úkolů vyplývajících z jejich běžné činnosti a z prostředků Ministerstva životního prostředí ČR, resp. i dalších orgánů, při řešení syntetických úkolů, vyžádaných speciálních studií, popř. jiných úkolů, vyžadujících vytváření řešitelských týmů ad hoc a při publikaci výsledků svých prací a dalších informací. Záměrem sdružení není vytvářet zisk.